Недополучая с пищей нужного количества всех необходимых веществ, организм реагирует на это адекватно в виде различного рода патологий. Если рацион питания не сбалансирован по питательным веществам или не удовлетворяет специфических потребностей индивида, возникает алиментарная (пищевая) недостаточность и связанные с ней болезни.

Алиментарный дефицит возникает главным образом из-за неправильного составления меню или болезней, которые затрудняют переваривание пищи или всасывание в кишечнике ее ингредиентов.

Клиническая картина, наблюдаемая при любой патологии, ухудшающей всасывания питательных веществ, в основном имеет типичную симптоматику в виде быстрой утомляемости, бледности кожных покровов, апатичности, расстройстве пищеварения с запором или поносом. Одновременно страдает и психическое здоровье, что ведет к тревожности, депрессии, рассеянности и ухудшению памяти.

Локальная патология в отдельных органах пищеварительного тракта существенно влияет на усвоение необходимых организму питательных веществ. Например, при недостаточности поджелудочной железы пригодных для усвоения молекул образуется слишком мало, поскольку пища недопереваривается из-за нехватки расщепляющих ее ферментов и человек вынужден принимать пищеварительные ферментные препараты (например, фестал), который также применяется  для улучшения пищеварения у лиц в случае с погрешностями в питании и малоподвижным образом жизни. А при болезни Крона, хронически воспаленная стенка кишечника (обычно поражается подвздошная кишка) плохо всасывает эти молекулы. Воспаленный участок стенки кишки утолщается и покрывается язвами.   Причина болезни не установлена.

При стеаторее, жирном стуле, который наблюдается преимущественно при заболевании поджелудочной железы, непереваренные жиры выводятся с калом, имеющем маслянистую консистенцию.

При целиакии, вызываемой непереносимостью клейковины, поражаются ворсинки кишечника. Это существенно ухудшает усвоение  питательных веществ организмом. К такому же эффекту  приводит заражение пищеварительного тракта болезнетворными микробами (сальмонеллой,кампилобактером и др.), простейшими (лямблией) или глистами.